热点聚焦：全球首个！天津工业生物所发布基于图数据库的大肠杆菌调控代谢知识图谱
天津北方网讯：当合成生物与大数据云计算相互碰撞，会迸发出怎样的火花？记者从中国科学院天津工业生物技术研究所（以下简称天津工业生物所）
2023-03-31
(资料图片仅供参考)
天津北方网讯：当合成生物与大数据云计算相互碰撞，会迸发出怎样的火花？记者从中国科学院天津工业生物技术研究所（以下简称“天津工业生物所”）获悉，目前，该所携手亚马逊云科技推出全球首个基于图数据库的大肠杆菌调控代谢关系知识图谱ERMer，以及全流程高通量编辑序列设计云平台AutoESD等20多项生物计算设计工具和软件应用。相关合作正在为健康、能源、农业和环境等领域的科学研究提供技术支撑。
日前，在津举办的“生物计算设计”沟通会上，天津工业生物所方面透露，早在2019年，该所就成立了生物设计中心平台实验室，开始与亚马逊云科技共同探索生物技术和信息技术相结合的体系，以进一步推动合成生物学发展。
天津工业生物所生物设计中心副主任廖小平介绍，几年来，天津工业生物所生物设计中心团队与亚马逊云科技团队的合作不断开花结果，发布了全球首个基于图数据库Amazon Neptune的大肠杆菌调控代谢关系知识图谱ERMer，首次提供了全局的代谢调控图谱，并通过可视化框架实现了丰富的搜索功能，如多步查询、最短路径查询等。ERMer打破了传统的低效数据检索方式，有效增强用户和图谱的人机交互，大大降低了使用门槛。
将合成生物学的相关实验流程进行模块化、标准化，也是自动化研究不可或缺的一环。面向微生物遗传操作，天津工业生物所生物设计中心团队还开发得到了第一个能够在所有操作类型、任何基因组位点和跨物种上进行精确、自动化和高通量编辑序列设计的云平台AutoESD。该平台能够在几分钟内并行处理包含上千个编辑序列设计目标的数百个设计任务。与传统开发方式相比，开发时间缩短了75%，总体拥有成本降低50%。（津云新闻编辑邓坤伟）
